Hacia fines del siglo XIX, particularmente entre 1897 y 1899, la población cochabambina se redujo drásticamente, pues sufrió los embates de las epidemias de la fiebre intermitente y la fiebre tifoidea, causadas por la sequía. Por otro lado, se desató la Guerra del Pacífico, que enfrentó a Bolivia y Perú contra Chile.
Con relación a lo primero, el hambre y las enfermedades elevaron los índices de mortalidad a cifras que no tenían precedentes. Escenas de horror indescriptible sucedían en la ciudad invadida por caravanas de menesterosos y famélicos, que llegaban a morir por inanición en las calles, rebasando el hospital de los sanatorios improvisados.
Entre mayo y julio de 1878, meses de invierno, fallecieron 1.237 personas. En enero de 1879, verano, 504 personas murieron en la ciudad, de las cuales 115 sucumbieron en las calles por falta de auxilio. En los dos años trágicos, Cochabamba pierde 5.444 vidas. En 1880, se siente el alivio con una mortalidad que baja a 779 defunciones.
La guerra con Chile
Con relación a la Guerra del Pacífico (1879 – 1880), Cochabamba aportó sucesivos contingentes que engrosaron las diversas unidades de combate. Junto al renombrado regimiento Colorados de Bolivia, que alcanzó victoria en el Campo de la Alianza, actuó con heroísmo el regimiento Aroma, que estaba conformado sobre todo por cochabambinos.
La emergencia de enfermedades y el drama de la guerra, en ambos casos con severas consecuencias sobre las vidas humanas, impulsó la construcción del hospital Viedma.
En 1879 arrancaron las obras las obras de construcción y concluyeron en 1885, en el lugar que ocupaba hasta hace 11 años, en la avenida Aniceto Arce.
Para entonces, la facultad de medicina de la Universidad Mayor de San Simón (UMSS) ya había sido fundada en 1863, por el médico Juan de la Cruz Quiroga.
Cabe mencionar, por otro lado, que en 1899 se desató la Revolución Federal y la sublevación indígena en las que fue protagonista Zárate Wilka. Si bien estos sucesos (sobre todo el primero) tuvieron como escenario principal La Paz y Oruro, también se desarrollaron en algunas provincias de Potosí y Cochabamba.
La Ciudad
A fines del siglo XIX así lucía la ciudad: los propietarios de las casas sobre la Plaza Mayor (hoy Plaza 14 de Septiembre) comenzaron a construir galerías de arcos preescritas por una ordenanza municipal. Un plano realizado en 1871 contenía 142 manzanas en el radio urbano de Cochabamba, donde existían pocas edificaciones y , más bien existían huertas protegidas por paredes. El número total de casas era de 1.956 y la población de 21.886 habitantes.
La manzana de la Prefectura era por entonces toda de dominio público, excepto un pequeño sector de la esquina noreste.
Hasta 1899, la única avenida de la ciudad era la de El Prado. Las plazas existentes entonces eran las siguientes: 14 de Septiembre, Colón, San Sebastián, San Antonio, Gonzales Velez (coliseo de toros, demolido), Santa Teresa (Granado), Antiguo Matadero y Osorio.